檢視 BED(文件格式) 的原始碼

'''BED'''（Browser Extensible Data，字面意思係「（基因組）瀏覽器做得延展个數據」）係一種基因組學當中用於表示、標記基因組區域位置信息當中个文件格式，於人類基因為組計劃當中第一擺出現。BED 文件係目前基因組學事實上个標準格式之一。

==格式==

引入 BED 格式个人類基因組計劃並無詳細規範 BED 文件格式，故所一般較通用加州大學聖克魯茲分校（UCSC）基因組瀏覽器裡背肚个文件。二零二一年，全球基因組學摎健康聯盟（GA 四 GH）發布了第一份 BED 文件格式个規範文件。

BED 文件盡少需要有三隻分別表示區域染色體序號、開始位仔，還有終止位置个位所，根據無共樣个需求做得增加到十二列紀錄還較多个信息。一般來講，無共樣个列之間應該愛用制表符分隔值（\ t）隔開，還過每一枋列數都定著愛共樣。

下表紹介 BED 文件每一列應該存儲个信息。三個必須出現个列標記為紅色。

===頭行文件===

一部分 BED 文件會有兜仔與 BED 文件本身無關係个頭行文件，一般包含以下信息

* " browser "：摎 UCSC 基因組瀏覽器設置相關个參數
* " track " : 摎基因組瀏覽器當中做得視化參數設置相關
* " # "：注釋內容，內容儘採

==文件擴展名==

BED文件个擴展名一般係「. bed」。 有成時，乜根據列數个無共樣標註為「. bed 三」（有三列个 BED 文件）、「. bed 六」（有六列个 BED 文件）等一下。

==例仔==

以下為一個含有最基本三列信息个 BED 文件範例：

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chr 七一千七百四十七十二十一百九十六一千七百四十七十二千三百六十三
chr 七一千七百四十七十二千三百六十三十二租七千四百七十三五百三十
chr 七一千七百四十七十二三千五百三十一千七百四十七十二間四千六百九十七
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以下係另外一個 BED 文件个範例，UCSC 基因組瀏覽器提供个 BED 文件一般都係恁樣格式。頭三行好 UCSC 基因組瀏覽器个設置參數，摎 BED 文件本身無關係。

` ` `
browser position chr 七 : 一千七百四十七十二間一千一百九十六pa24一千空二千七百四十九九十八點五千七百二十
browser hide all
track name=" ItemRGBDemo " description=" Item RGB demonstration " visibility=二 itemRgb=" On "
chr 七一千七百四十七十二十一百九十六一千七百四十七十二千三百六十三 Pos 一零 + 一千七百四十七十二十一百九十六一千七百四十七十二千三百六十三兩百五十五 , 零 , 零chr 七一千七百四十七十二千三百六十三一千七百四十七十二三千五百三十 Pos 二零 + 一千七百四十七十二千三百六十三一千七百四十七十二三千五百三十兩百五十五 , 零 , 零
chr七一千七百四十七十二三千五百三十一千七百四十七十二間四千六百九十七 Pos 三零 + 一千七百四十七十二三千五百三十一千七百四十七十二間四千六百九十七兩百五十五 , 零 , 零
chr 七一千七百四十七十二間四千六百九十七一千七百四十七十二五千八百六十四這兩日呢 Pos 四零 + 一千七百四十七十二間四千六百九十七一千七百四十七十二五千八百六十四這兩日呢兩百五十五 , 零 , 零
chr 七一百二十七四十七線五千八百六十四一千七百四十七十二間七千空三十一 Neg 一零 - 一千七百四十七十二五千八百六十四這兩日呢一千七百四十七十二間七千空三十一零 , 零 , 兩百五十五
chr 七一百二十七歲个三十一一千七百四十七十二八千一百九十八 Neg 二零 - 一千七百四十七十二間七千空三十一一千七百四十七十二八千一百九十八零 , 零 , 兩百五十五
chr 七一千七百四十七十二八千一百九十八一千七百四十七十二九千三百六十五 Neg 三零 - 一千七百四十七十二八千一百九十八一千七百四十七十二九千三百六十五零 , 零 , 兩百五十五
chr 七一千七百四十七十二九千三百六十五十二七百四十八十二件 Pos 五零 + 一千七百四十七十二九千三百六十五一千七百四十八十二件兩百五十五 , 零 , 零
chr 七一千七百四十八十二件十二租七千四百八十一六百九十九 Neg 四零 - 一千七百四十八十二件一千七百四十八十九這擺呢零 , 零 , 兩百五十五
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==. genome 格式==

genome 文件係一種成時同 BED 文件配合使用个文件。這種文件裡背肚就有兩列，第一列係染色體序號、第二列表示這條染色體个長度。genome 文件主要係確保 BED 文件表示个區域毋會位在染色體應該有个長度之外。

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chrom sizechr 一二千八百九十五齣六千四百二十二
chr 二二十九四千二百一十九線三千五百二十九
chr 三一千八百二十九九十五千五百五十九
chr 四一千空二十一鋼四千五百五十五
chr 五一千兩百五十三十九
chr 六一千空八十九九十九
chr 七一千九百三十四線五千九百七十三
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==參見==

* SAM ( 文件格式 )
* GTF 文件==參考資料==

[[分類: 待校正]]